Sekolah Menengah Kebangsaan Mutiara Rini mula beroperasi pada 1 Januari 2001 di bawah pengurusan pengetua pertama, Puan Halimah Binti Ali sehingga 15 Julai 2001. Pengetua kedua, Puan Hajah Siti Raudah Binti Moh meneruskan pentadbiran sekolah ini mulai 16 Julai 2001 sehingga 31 Januari 2006. Mulai 1 Februari 2006 sehinggalah 30 November 2012, sekolah ini diterajui pula oleh Puan Mariani Binti Mohd Saad selaku pengetua ketiga. Seterusnya, pengurusan sekolah ditadbir urus Puan Hajah Halina Binti. Hasnan yang telah memulakan tugas sebagai pengetua keempat pada 1 Disember 2012 hingga 14 Disember 2015.
People in Skudai is fortunate to have SMK Mutiara Rini situated here, to receive the free eductaion
